2007年2月14日，国务院第169次常务会议通过《国家自然科学基金条例》，并于2007年4月1日颁布施行。共计七章四十三条。

时隔17年，2024年10月25日，国务院总理李强主持召开国务院常务会议，会议审议通过《国家自然科学基金条例（修订草案）》。

此次通过的《国家自然科学基金条例(修订草案)》集中了大量引人注目的改革措施，以下几点尤为值得关注：

• 加大对重大原创性、交叉学科创新等项目的资助力度。这一措施将突破传统单一学科的限制，鼓励不同学科之间的交叉与合作，促进多学科融合的新型科研模式。

• 培养青年科学技术人才。法规强调了青年人才的重要性，提出要通过各类项目与资源倾斜，进一步吸引与培养青年科研人才，为未来科技进步提供持续动力。

• 支持社会力量参与基础研究。鼓励企业和其他组织投入资金与科研机构之间建立合作关系，共同承担基础研究的资金与资源，打造更为开放的创新生态。同时，也为跨界合作提供了基础，推动科研成果的市场化与应用化。

• 强化基金管理的公开、公平、公正。通过健全绩效评估机制、严惩违背科研诚信的行为，此次修订旨在营造一个风清气正的科研环境，确保每一笔公共资金的合理使用与高效回报。